Die Unabhängige Historikerkommission (UHK) erforscht die Geschichte des BND, seiner Vorläuferorganisationen sowie seines Personal- und Wirkungsprofils von 1945 bis 1968 und des Umgangs mit dieser Vergangenheit. Sie arbeitet ergebnisoffen. Die UHK führt ihren Auftrag eigenständig und in voller wissenschaftlicher Freiheit durch. Dabei ist sie unabhängig von politischen und inhaltlichen Vorgaben. Darüber hinaus berät sie den BND bei der Aufarbeitung seiner Geschichte.
Bei der Durchführung des Projektes wird die UHK von der BND-internen Forschungs- und Arbeitsgruppe „Geschichte des BND“ unterstützt, die unter wissenschaftlicher Ägide der UHK die notwendigen Voraussetzungen und Grundlagen für das Projekt schafft. Diese Gruppe wird von Dr. Bodo Hechelhammer geleitet.
Der BND stellt die erforderlichen Mittel zur Finanzierung des Projektes zur Verfügung. Für das Gesamtforschungsprojekt ist ein Finanzrahmen in einer Höhe von 1,5 Mio. Euro vorgesehen. Mit diesen Mitteln werden weitere Fachwissenschaftler (Promovierte und Doktoranden) beschäftigt.
Am Ende des auf vier bis fünf Jahre angelegten Projektes werden die Forschungsergebnisse in Buchform publiziert.